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Les travaux des unités de recherche, reconnues pour leur excellence au niveau mondial, portent essentiellement sur les pathologies virales émergentes, les virus respiratoires, la microbiologie, les maladies infectieuses, vectorielles, zoonoses et parasitaires. 

Virus dans un organisme infecté, épidémie de maladie virale, arrière-plan abstrait de virus
Maladies infectieuses [Description]

Unité des virus émergents (UMR UVE)

La surveillance des pathologies virales émergentes inclue les aspects virologiques (virologie médicale et moléculaire, antiviraux, évolution...) et environnementaux (écologie, entomologie, réservoirs animaux, etc.). Ainsi que les sciences humaines (sociologie centrée sur la perception du risque infectieux, géographie de la santé), l’épidémiologie, la modélisation et la santé publique. 
Les principaux pathogènes étudiés sont les arbovirus et les virus respiratoires.

Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI)

L’UMR MEPHI est spécialisée dans la recherche clinique en microbiologie et maladies infectieuses. 
Les recherches sont axées sur la biologie évolutive de l'infection (principalement les bactéries), et en particulier sur les infections émergentes et la résistance aux antimicrobiens. 
Son approche est centrée sur la recherche translationnelle et le transfert de connaissances, ses plateformes technologiques comportent les outils les plus modernes.
Les équipes collaborent avec l’UMR VITROME et les autres unités de recherche de l’IHU Méditerranée Infection. 

Vecteurs – Infections tropicales et méditerranéenne (VITROME)

L’UMR VITROME est spécialisée dans la surveillance des maladies infectieuses, vectorielles, zoonoses et parasitaires (paludisme, maladies émergentes), ainsi que de leurs arthropodes vecteurs (moustiques, tiques, poux, puces, etc.).
Les projets de recherche bénéficient des équipements et plateformes de l’IHU Méditerranée infection. 
Ils sont conduits sous les labels d’Aix-Marseille Université, de l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD), du Service de Santé des Armées (SSA), et en partenariat avec l’Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille (AP-HM).
L’UMR a une envergure internationale, avec une présence au Sénégal, en Polynésie française et en Algérie.